Integrative Datensemantik für die Neurodegenerative ForschungPartner
In IDSN kooperieren Experten des DZNE aus dem Bereich der Neurodegenerationsforschung mit Klinikern des Universitätsklinikums Bonn (UKB), die klinische Daten bereitstellen, und Wissenschaftlern des Fraunhofer-Instituts für Algorithmen und wissenschaftliches Rechnen (SCAI), die im Bereich der semantischen Datenintegration forschen.
Fraunhofer SCAI
Die Abteilung Bioinformatik des Fraunhofer-Instituts SCAI gehört zu den führenden Anbietern von Text- und Data-Mining–Tools für die biotechnologische und pharmazeutische Industrie sowie international aufstrebende Unternehmen im Kontext der personalisierten Medizin. In IDSN entwickelt Fraunhofer SCAI die Textmining-Plattformen für die Extraktion klinischer Daten sowie publizierter Daten.
Außerdem arbeitet die SCAI im Bereich der neurodegenerativen Erkrankungen in großen geförderten Partnerschaften national und international mit akademischen und industriellen Gruppen zusammen. In mehreren Forschungsprojekten werden z.B. mechanistische Krankheitsmodelle entwickelt und Daten analysiert. In IDSN integriert SCAI die für neurodegenerative Erkrankungen notwendigen Terminologien und Ontologien in semantische Mapping-Services und unterstützt das DZNE beim Aufbau der Datenintegrationsplattform. Außerdem entwickelt SCAI neue Algorithmen zur Analyse der integrierten Daten.
Weitere Informationen:
DZNE
Das Deutsche Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen ist eines der sechs Gesundheitszentren der Helmholtz-Gesellschaft. Es beschäftigt sich mit der translationalen Forschung an neurodegenerativen Erkrankungen. Das DZNE ist eines der führenden europäischen Forschungszentren mit nationalen sowie internationalen Experten in Patientenversorgung, klinischer Forschung, Wirkstoffsuche sowie der Neuro- Grundlagenforschung. Forscher aus den DZNE-Standorten in Bonn, Göttingen und Tübingen nehmen an IDSN teil. Das DZNE ist hauptverantwortlich für die Entwicklung der Integrationsplattform und der Zusammenführung der Daten aus den beteiligten Institutionen. In der Translationsphase von IDSN werden diese Daten genutzt, um Algorithmen für die Früherkennung und Patientenstratifizierung zu entwickeln und die Daten entsprechend auszuwerten.
Weitere Informationen:
- Arbeitsgruppe Heutink: www.dzne.de/standorte/tuebingen/forschergruppen/heutink.html
UKB
Das Universitätsklinikum Bonn (UKB) betreibt eine integrierte Gedächtnis- und Parkinson-Ambulanz, die seit mehreren Jahren eine Spitzenposition in der FOCUS-Klinikliste einnimmt. Die verantwortlichen Ärzte sind mit dem DZNE assoziiert, so dass die Forschungsaktivitäten des UKB und DZNE auf dem Gebiet neurodegenerativer Krankheiten eng miteinander verknüpft sind. Ärzte des UKB haben durch Rekrutierung und Untersuchung großer Kohorten von Risikopersonen und von Patienten mit neurodegenerativen Krankheit weltweit beachtete Beiträge zur Früherkennung und Verlaufscharakterisierung dieser Krankheiten geleistet. Im Rahmen von ISDN stellt das UKB umfangreiche klinische Datensätze in Form von ärztlichen Berichten und Ergebnissen neuropsychologischer Testuntersuchungen zur Verfügung und wird zusammen mit dem SCAI eine Extraktionsplattform aufbauen, um diese strukturiert abfragen zu können.
Weitere Informationen:
- Neurologie: www.neurologie.uni-bonn.de
- Psychiatrie: www.psychiatrie.uni-bonn.de
